Final Fantasy XIV, siyah cüppeli maskeli bir adamı vurmak için bir ışık silahı (başlangıç sınıfına göre) kullanan oyuncunun karakterinin bir vizyonuyla açılır. Vizyon, oyuncunun seçtikleri başlangıç şehrine (Gridania, Ul'dah veya Limsa Lominsa) fayton yolculuğu sırasında gördüğü bir rüyadır.
Orijinal sürümden dönen oyuncular, bir ışık sütunundaki ormanda görünürler - Louisoix'in hayatlarını Carteneau'daki yıkımdan kurtarmak için yaptığı son büyüdür. Oyuncu karakteri, çeşitli garip işler üstlenerek, yerel Maceracılar Loncası'na kendini sevdirir ve kimlikleri gizemli bir şekilde hafızalarından silinen Carteneau Savaşı'na katılan cesur maceracılar olan efsanevi Işık Savaşçıları ile karşılaştırmalar kazanır. Oyuncunun vizyonlarının kökenini bildiğini iddia eden Yedinci Şafağın Filizleri'nin bir üyesinin yanı sıra maskeli adamların bir dizi saldırısını içeren bu arayışların ortasında bir kalıp ortaya çıkar. Maceracı, vizyonların Yankı'nın bir tezahürü olduğunu ortaya çıkaran ve Ana Kristal Hydaelyn'in seçilmiş bir temsilcisi olarak işaretleyen bu gizli topluluğun lideri Minfilia ile tanışır.

Scions'ın yeni atanmış bir üyesi olarak oyuncu, ticaret yolları boyunca kaçırmaları ve kristal hırsızlığını araştırmak için Thancred'i Thanalan'a kadar takip eder. Suçlular, maceracıyı ilk tanrıları Ifrit'e kurban edilmek üzere yakalayan Amalj'aa canavar kabilesinin üyeleridir. Echo, oyuncuyu Ifrit'in beyin yıkamasından koruduğu için girişim başarısız olur. Maceracı, Ifrit'i yenerek karşı koyar ve bir kahraman olarak selamlanır. Üç Büyük Şirketten gelen elçiler, söz konusu kahramanı işe alma ayrıcalığı için oylama yapar. Oyuncu, Carteneau'da ölenlerin anısını onurlandırmak için üç şehrin her birinde düzenlenen mitinglere katılırken, Loiusoix'in ikiz torunları Alphinaud ve Alisaie ile tanışır. Maceracının bir sonraki görevi, bir zamanlar radikal tarikatı Ramuh'u ormanı Garlean istilasından korumak için çağıran barışçıl bir canavar kabilesi olan Kara Kefen'in Sylph'leri ile ilişkiler kurmaktır. Oyuncu, yaşlı Sylph'i ararken, Anakristal'i yok etmeye kararlı ölümsüz bir Ascian olan Lahabrea ile karşılaşır. Scions, özellikle Thancred, bu yeni düşmanı araştırmaya karar verir.
La Noscea'daki Kobold kabilesi, Lominsanların atalarının topraklarına saldırı yapmalarına kızarak, ilkelleri Titan'ı çağırmak için kristaller toplar. Buna karşılık oyuncu, daha önce Altıncı Astral Çağ'da Titan ve Leviathan'ı yenen bir paralı asker grubu olan Company of Heroes'un eski üyeleriyle, ilkel ile nasıl savaşılacağına dair tavsiyeler almak üzere röportaj yapmak üzere gönderilir. Küçük görevler olarak gizlenen bir dizi dersten sonra, şirketin lideri Titan'ın alanına nasıl erişileceğini ortaya koyulur Akımı canavarların kendi ışınlanma kristalleri aracılığıyla tersine çevirerek bu yapılabilir. Maceracı, Titan'ı etere sürgün etse de zafer kısa sürer. Garlean Tribunus Livia, Junius Ascianların yardımıyla Uyanan Kumlar'daki Filizlerin karargahına girmiş, Minfilia'yı kaçırmış ve geri kalanını katletmiştir. Alphinaud, düşmüş yoldaşları için cenaze törenleri gerçekleştirirken, Ixal kabilesi tarafından yeni bir ilkel Garuda'nın çağrıldığı haberiyle geri döner. Garuda'yla kendi alanında yüzleşmek için bir plan yapar, şu anda bir mezarlık görevlisi olarak çalışan hafızasını kaybetmiş zeplin mühendisi Cid Garlond'un yardımına ihtiyaç duyar.


Uyanan Çöllere geri dönen kahramanlar, saldırıdan kaçan birkaç Scion'un yanı sıra Minfilia'nın ve diğer kaçırılan yoldaşlarının yerini keşfeder. Kurtarma görevleri başarılı olur, ancak Lahabrea'nın soruşturması sırasında Thancred'e sahip olduğunu da öğrenirler. Minfilia ve Alphinaud, teslim olmayı düşünen ve onları Garlean işgalcileriyle savaşmaya ikna eden üç Büyük Şirket lideri arasında bir toplantıya girer. Eorzean İttifakı, diğer müttefik grupların yanı sıra üç ulusun birleşik güçlerini kullanarak, her Garlean kalesine aynı anda saldırmayı amaçlayan devasa bir karşı saldırı olan Archon Operasyonunu yürütür. Oyuncu, Ultima Silahının bulunduğu Praetorium'a bir saldırı ekibi yönlendirir. Hydaelyn'in ışık kutsamasını kullanan maceracı, Ultima Weapon'ı ilkel eterinden soyar ve parçalara ayırır. Oyuncu daha sonra macerasının başındaki vizyonunu, Thancred'e bir ışık bıçağı kullanarak Lahabrea'nın hakimiyetinden kurtararak vurarak gerçekleştirir. Garlean istilası tehdidinin ortadan kalkmasıyla, Büyük Şirket liderleri Yedinci Astral Çağın başlangıcını ilan eder. Oyuncunun karakteri, Warriors of Light ile aynı kalibrede bir kahraman olarak selamlanır.