Final Fantasy 7 hikayesinin başlangıcında AVALANCHE, Midgar'da bir Shinra Mako reaktörünü yok eder; başka bir reaktöre yapılan saldırı ters gider ve Cloud, şehrin gecekondu mahallelerine düşer.
Orada Aerith ile tanışır ve onu Shinra'dan korur. Bu arada Shinra, AVALANCHE'ı bulur ve yukarı şehrin bir kısmını çökerterek AVALANCHE'ın çoğunu aşağıdaki gecekondu nüfusuyla birlikte öldürür. Aerith de bu sırada yakalnır ve bir Cetra olarak, Shinra'nın sömürülebilir Lifestream enerjisiyle dolup taştığına inandığı Vaat Edilmiş Toprakları potansiyel olarak ortaya çıkartır. Cloud, Barret ve Tifa, Aerith'i kurtarır; Midgar'dan kaçışları sırasında, Başkan Shinra'nın beş yıl önce öldüğü varsayılan Sephiroth tarafından öldürüldüğünü keşfederler. Parti, artık Başkan Rufus'la birlikte Sephiroth'u Gezegen boyunca takip etmeye başlar.

Final Fantasy 7 Hikayesi Devamında...
Grup, yolculukları sırasında Cloud'la alay ettikten ve peşinden Jenova benzeri canavarlar gönderdikten sonra sürekli olarak ortaya çıkan ve kaybolan Sephiroth ile karşılaşmaya başlar. Onu bir Cetra tapınağında bulan Sephiroth, Gezegeni yıkıcı bir etkiyle vuracak bir büyü olan Meteoru çağırmak için Kara Materia'yı kullanma niyetini açıklar. Sephiroth, yarayı iyileştirmeye çalışırken, Tanrı benzeri bir varlık haline gelen Lifestream'i emecektir. Parti, Black Materia'yı geri alır, ancak Sephiroth, Cloud'u teslim etmesi için manipüle eder.



Aerith, Sephiroth'u durdurmak için tek başına yola çıkar ve onu terk edilmiş bir Cetra şehrine kadar takip eder. Aerith'in yardım için Gezegene duası sırasında Sephiroth, Cloud'u onu öldürmeye zorlamaya çalışır; başarısız olursa, kaçmadan ve Black Materia'yı geride bırakmadan önce onu kendisi öldürür. Parti daha sonra Jenova'nın bir zamanlar sanıldığı gibi bir Cetra olmadığını öğrenir. Daha ziyade, Shinra bilim adamları tarafından onlarca yıl önce ortaya çıkarılan, düşmanca bir uzaylı yaşam formudur; Nibelheim'da Jenova'nın hücreleri Sephiroth'u yaratmak için kullanır.

Kuzey Krateri'nde parti, karşılaştıkları Sephiroth'ların çılgın Shinra bilim adamı Hojo tarafından yaratılan Jenova klonları olduğunu öğrenir. Jenova'nın hücrelerini yeniden birleştirmek için klonlarını öldürürken gerçek Sephiroth'la karşı karşıya kalan Cloud, tekrar Black Materia'yı teslim etmesi için manipüle edilir. Sephiroth daha sonra Nibelheim anılarında Cloud'un yerinde başka bir SOLDIER göstererek Cloud'la alay eder ve Cloud'un başarısız bir Sephiroth klonu olduğunu öne sürer. Sephiroth, Meteor'u çağırır ve Krateri mühürler; Cloud, Lifestream'e düşer ve grup Rufus tarafından ele geçirilir.

Shinra'dan kaçan grup, Mako zehirlenmesinden katatonik bir durumdaki bir ada hastanesinde Cloud'u keşfeder; Tifa onun bekçisi olarak kalır. Ada, Weapon adlı bir gezegen savunma kuvveti tarafından saldırıya uğradığında ikisi, Tifa'nın Cloud'un anılarını yeniden yapılandırmasına yardımcı olduğu Lifestream'e düşer Nibelheim'da geçirdiği süre boyunca utangaç bir çocuk olan Cloud, Tifa kendini yaraladığında suçlanır. Daha güçlü olmaya karar veren Cloud, Midgar'ın SOLDIER'a katılması için ayrılır ama asla organizasyona kabul edilmez; SOLDIER anılarındaki arkadaşı ise Zack olarak açıklanır.

Nibelheim'da Cloud, Sephiroth'un zihinsel çöküşünden sonra onu şaşırtır ve yaralar, ancak Jenova Sephiroth'un hayatını korur. Hojo, Cloud ve Zack üzerinde dört yıl boyunca deneyler yapar ve onlara Jenova'nın hücreleri ve Mako'yu enjekte eder; Zack ise sonunda öldürülür. Bu olayların birleşik travması, Cloud'da bir kimlik krizini tetikler; Zack'in hikayeleri ve kendi fantezileri etrafında sahte bir kişilik inşa eder.

Cloud geçmişini kabul eder ve Aerith'in Gezegene duasının başarılı olduğunu öğrenen grupla yeniden bir araya gelir Gezegen, Meteor'un etkisini önlemek için Kutsal'ı çağırmaya çalışmıştı, ancak Sephiroth Kutsal'ı engelledi.

Shinra, Meteor'u yok etmeyi başaramaz, ancak bir Weapon'ı yenmeyi ve Kuzey Kraterini delmeyi başarır; Rufus ve diğer personelin hayatına mal olur. Sephiroth'un biyolojik babası olduğu ortaya çıkan Hojo'yu öldürdükten sonra grup, Kuzey Krater'deki açıklıktan Gezegenin çekirdeğine iner ve hem Jenova'yı hem de Sephiroth'u yener. Parti kaçar ve Kutsal çağrılır, bu da Meteor'u Lifestream'in yardımıyla yok eder. Beş yüz yıl sonra, Red XIII, gezegenin iyileştiğini gösteren, şimdi yeşilliklerle kaplı Midgar kalıntılarına bakan iki yavruyla birlikte görülür.