İskenderiye'de Zidane ve Tantalus, Cid'in emriyle Prenses Garnet'i kaçırır. Garnet direnmez; zaten kaçmayı planlıyordu ve Cid'i Kraliçe Brahne'nin giderek artan düzensiz davranışları konusunda da uyarmıştır.
FF9 Hikayesi
Vivi ve Steiner, kaçış sırasında partiye katılırlar. Lindblum'a giden grup, Brahne'nin Vivi'ye benzeyen ruhsuz kara büyücü askerler ürettiğini keşfeder. Lindblum'da Cid, Garnet'i Brahne'nin yeni keşfedilen saldırganlığından korumak için grubu tuttuğunu doğrular. İskenderiye'nin kara büyücülerle Burma'yı işgal ettiğini öğrenen Zidane ve Vivi, araştırmak için Freya'ya katılır. Garnet ve Steiner gizlice İskenderiye'ye dönerek Brahne'yi ikna ederler.


Zidane'ın ekibi, Beatrix liderliğindeki İskenderiye kuvvetlerinin Kuja'nın yardımıyla Burmecia'yı fethettiğini ve mültecilerin Cleyra'ya kaçtığını keşfeder. Brahne Garnet'i hapseder, eidolonlarını çıkarır ve birini Cleyra'yı yok etmek için kullanır. Bu sırada Zidane'ın grubu şehri savunur. Parti, Brahne'nin zeplinle kaçar, Steiner ile buluşur ve Garnet'i kurtarır. Bu sırada Brahne, Lindblum'u başka bir eidolon ile sakat bırakır. Cid, Kuja'nın Brahne'ye kara büyücüler ve eidolon kullanma bilgisi sağladığını açıklar. Parti, Quina ile arkadaş olur ve Kuja'yı Dış Kıta'ya kadar takip eder.


Brahne, Garnet'i yakalamaları için ödül avcıları Lani ve Amarant'ı tutar. Dış Kıta'da grup, Lani'yi yener ve Madain Sari köyünde bir grup moogle ile yaşayan bir sihirdar olan Eiko ile tanışır. Eiko, Zidane ve diğerlerini İfa Ağacı'na götürür. İçeride, Kuja'nın kara büyücüleri yaratmak için Mist'i kullandığını ve Vivi'nin bir prototip olduğunu öğrenirler. Parti, ağacın içinde Sis'i oluşturan ve onu Sis Kıtasından temizleyen canavarı yener. Madain Sari'de Kuja'nın misilleme yapmasını beklerken Lani ve Amarant, Eiko'yu kaçırmaya çalışır, ancak Zidane ve moogles onları engeller. Amarant daha sonra Zidane'ı düelloya davet eder ve kaybeder. Partiye katılır ve Garnet, bir sihirdar olarak mirasını öğrenir. Brahne, Kuja'yı yönetebilmesi için öldürmeye çalışır; Kuja kontrolü ele alır ve onu yok eder.

Garnet'in taç giyme töreninden sonra Kuja, İskenderiye Kalesi'ne saldırır. Garnet ve Eiko savunmada son derece güçlü bir eidolon çağırır; Kuja, efendisi Garland'ı öldürmek için bir araç olarak eidolon'u çalmaya çalışır, ancak Garland gelir ve onu yok eder. Grup, Kuja'yı düşmanların hedeflerinin netleştiği Terra'ya açılan bir portal üzerinden kovalar. Terralar, ölmekte olan dünyalarını Gaia ile birleştirmek için Garland'ı yaratmışlardoır; Garland, sırayla, Genom adı verilen, kendini bilen, ruhsuz kaplar yarattı. Garland, binlerce yıldır, ölü Gaian ruhlarını kış uykusuna yatan Terran ruhlarıyla değiştirmek için Iifa Ağacı'nı kullanıyor ve bu süreçte eskileri Mist'e dönüştürüyor; bu, gezegenlerin birleşmesinden sonra Terranların Genomlarda yeniden doğmasına izin verecektir.

Kuja ve Zidane, Gaia'ya savaş ve kaos getirerek bu süreci hızlandırmak için yaratılmış Genomlardır. Kuja, Garland'a ihanet etmişti, bir Terran ruhu tarafından işgal edilmekten kaçınmak için. Kuja, ölmeden önce Garland'ın zaten sınırlı bir ömrü olduğunu ortaya çıkaran Garland'ı yener; Garland, Zidane'ı onun yerine geçmesi için tasarlamıştır. Bu duruma öfkelenen Kuja, Terra'yı yok eder ve İfa Ağacına kaçar.

İfa ağacında, parti Memoria'ya girer ve evrenin kökenine ulaşır Kristal Dünya. Kuja'yı yenerek yaşamın orijinal kristalini ve dolayısıyla evreni yok etmesini engellerler. Bir ölüm gücü olan Necron'u yendikten sonra, Ağaç çöker; parti kaçar, Zidane ise Kuja'yı kurtarmak için geride kalır. Bir yıl sonra oyun, kadronun kaderini ortaya çıkarır Tantalus bir gösteri yapmak için İskenderiye'ye gelir; Kara Büyücüler sadece bir yıl yaşadığı için Vivi, ölmüş olarak kabul edilir, ancak arkasında birkaç özdeş oğul bırakmıştır; Freya ve Fratley, Burmecia'yı yeniden inşa eder; Cid, Eiko'yu evlat edinir; Quina, şatonun mutfağında çalışır; Amarant ve Lani birlikte seyahat eder; Garnet, İskenderiye kraliçesi, Steiner ve Beatrix ise muhafızları olarak başkanlık eder. Tantalus'un performansının doruk noktasında, başrol oyuncusu kendini Zidane olarak kılık değiştirmiş olarak ortaya koyuyor ve Kraliçe Garnet ile yeniden bir araya geliyor.